معایب حمل و نقل هوایی عمدتاً عبارتند از: هزینه بالا، تاخیر یا کنسلی پرواز، نیاز به پرداخت مالیات و هزینه اضافی، نیاز به پرداخت هزینه اضافی سوخت و ارز و مشکلات آخرین مایل.

نرخ پایه باربری معمولاً شامل هزینه های خدمات اولیه شرکت حمل و نقل مانند حمل و نقل، بارگیری و تخلیه، انبارداری و غیره و همچنین سایر هزینه های مربوط به حمل و نقل مانند حق بیمه، هزینه اضافی سوخت و غیره می شود.